Sebelum adanya Lembaga Penjaminan Mutu, penjaminan mutu dilaksanakan oleh Pusat Penjaminan Mutu. Lembaga Penjaminan Mutu (LPM) merupakan salah satu lembaga di lingkungan Institut Agama Islam Negeri Ponorogo yang lahir bersamaan dengan pendirian Institut Agama Islam Negeri Ponorogo, yaitu pada tanggal 1 Agustus 2016. Institut Agama Islam Negeri Ponorogo merupakan transformasi dari Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Ponorogo, yang mengalami perubahan bentuk menjadi Institut berdasarkan Perpres Nomor 75 Tahun 2016.
Melalui Keputusan Menteri Agama (KMA) Nomor 49 Tahun 2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Institut Agama Islam Negeri Ponorogo, pada pasal 54 menyebutkan bahwa salah satu lembaga yang ada di Institut Agama Islam Negeri Ponorogo adalah Lembaga Penjaminan Mutu. Selanjutnya, pada pasal 63, menyebutkan bahwa Lembaga Penjaminan Mutu mempunyai tugas mengoordinasikan, mengendalikan, mengaudit, memantau, menilai, dan mengembangkan mutu penyelenggaraan kegiatan akademik. Lembaga Penjaminan Mutu menyelenggarakan fungsi pelaksanaan: 1) penyusunan rencana, evaluasi program dan anggaran, serta pelaporan; 2) pengembangan mutu akademik; 3) audit, pemantauan, dan penilaian mutu akademik; dan 4) administrasi Lembaga.
Selanjutnya, pada pasal 65 menyebutkan bahwa Lembaga Penjaminan Mutu terdiri dari: 1) Ketua; 2) Sekretaris; 3) Pusat; dan 4) Subbagian Tata Usaha. Pusat yang dimaksudkan adalah Pusat Pengembangan Standar Mutu dan Pusat Audit dan Pengendali Mutu. Pusat Pengembangan Standar Mutu mempunyai tugas pengembangan standar mutu akademik. Sedangkan Pusat Audit dan Pengendalian Mutu Akademik mempunyai tugas melaksanakan audit dan pengendalian mutu akademik.
Selanjutnya pada tanggal 8 September 2022 Organisasi dan Tata Kerja Institut Agama Islam Negeri Ponorogo mengalami perubahan berdasarkan Peraturan Menteri Agama No 39 Tahun 2022 pada pasal 65 menyebutkan bahwa Lembaga Penjaminan Mutu terdiri dari: 1) Ketua; 2) Sekretaris; 3) Pusat; dan 4) Kelompok Jabatan Fungsional. Pusat yang dimaksudkan adalah 1) Pusat Pengembangan Standar Mutu; 2) Pusat Audit dan Pengendali Mutu, dan 3) Pusat Pengembangan Karir.
Selanjutnya berikut pengelola Lembaga Penjaminan Mutu IAIN Ponorogo pada setiap periode:
| No | Periode | Pengelola Lembaga Penjaminan Mutu | |||
| Tahun | Nama | Jabatan | |||
| 1 | Periode I (Tahun 2004 sampai dengan 2006) | 2004 – 2006 | Luthfi Hadi Aminuddin, M.Ag. | Ketua UPMA | |
| Miftahul Choiri, M.Ag. | Sekretaris P3M | ||||
| M. Irfan Riyadi, M.Ag. | Staf | ||||
| Elfi Yuliani Rochmah, M.Pd. | Staf | ||||
| 2 | Periode II (Tahun 2006 sampai dengan 2007) | 2006 – 2007 | Layyin Mahfiana, M.Hum. | Ketua UPMA | |
| Ju’ Subaidi, M.Ag. | Sekretaris P3M | ||||
| Lia Amalia, M.Si. | Staf | ||||
| 3 | Periode III (Tahun 2008 sampai dengan 2011) | 2008 – 2011 | M. Miftahul Ulum, M.Ag. | Ketua P2M | |
| Iswahyudi, M.Ag. | Sekretaris P3M | ||||
| M. Thoyib, M.Ag. | Staf | ||||
| Sugiyar, M.Pd.I. | Staf | ||||
| 4 | Periode IV (Tahun 2011 sampai dengan 2015) | 2011 – 2015 | Drs. H. M. Muhsin | Ketua P2M | |
| Ahmad Junaidi, M.H.I. | Sekretaris P3M | ||||
| Sirajudin Ahmad, S.Ag. | Staf | ||||
| Munthoha, S.Ag. | Staf | ||||
| 5 | Periode V (Tahun 2015 sampai dengan 2017) | 2015 – 2017 | Dr. Ahmadi, M.Ag. | Ketua P2M | |
| Dr. Umi Rohmah, M.Pd.I. | Sekretaris P3M | ||||
| Dr. Synta Maharani, M.Ak | Staf | ||||
| Nur Kolis, Ph.D | Staf | ||||
| . Iza Hanifuddin, Ph.D. | Staf | ||||
| Edi Irawan, M.Pd. | Staf | ||||
| Fieka Nurul Arifa, M.Pd. | Staf | ||||
| Nur Rahmi Sonia, M.M. | Staf | ||||
| M. Hawwin Muzaki, M.Ag. | Staf | ||||
| 6 | Periode VI (Tahun 2017 sampai dengan 2021) | 2017 – 2021 | Dr. Mukhibat, M.Ag. | Ketua LPM | |
| 2017-2018 | Dr. Mambaul Ngadhimah, M.Ag. | Sekretaris LPM | |||
| 2019-2021 | Edi Irawan, M.Pd. | Sekretaris LPM | |||
| 2017-2018 | Dr. M. Shohibul Itmam, M.H.I. | Kapus Audit dan Pengendali Mutu | |||
| 2019-2021 | Dr. Mambaul Ngadhimah, M.Ag. | Kapus Audit dan Pengendali Mutu | |||
| 2017-2018 | Amin Wahyudi, M.E.I. | Kapus Pengembangan Standar Mutu | |||
| 2019-2021 | Ulum Fatmahanik, M.Pd. | Kapus Pengembangan Standar Mutu | |||
| 2017-2020 | Suwondo, M.Ak. | Kasubag TU | |||
| 2020 – 2021 | Agung Musyaffa Sjamsoedin, SE. | Kasubag TU | |||
| 2017-2019
|
Fieka Nurul Arifa, M.Pd. | Staf | |||
| M. Hawwin Muzakki, M.Pd. | Staf | ||||
| Septian Putri Palupi, S.Si. | Staf | ||||
| Muhammad Ghafar, M.Pd.I. | Staf | ||||
| 2019-2021 | Aris Nurbawani, M.M. | Staf | |||
| Dr. Hestu Wilujeng, M.Pd. | Staf | ||||
| Rofingatun Rohmah, S.H. | Staf | ||||
| Adistya Trinur Gustanti, S.Kom. | Staf | ||||
| 7 | Periode VII (Tahun 2021 sampai dengan 2025) | 2021 – 2025 | Dr. Mambaul Ngadhimah, M.Ag. | Ketua LPM | |
| 2021 – 2025 | Syaiful Arif, M.Pd. | Sekretaris LPM | |||
| 2021 – 2025 I | Sofwan Hadi, M.Si. | Kapus Audit dan Pengendali Mutu | |||
| 2022 – 2025 II | Jamaluddin Shiddiq, M.Pd. | Koordinator Pusat Audit dan Pengendali Mutu | |||
| 2021 – 2025 I | Farida Sekti Pahlevi, M.Hum | Kapus Pengembangan Standar Mutu | |||
| 2021 – 2025 II | Dr. Hestu Wilujeng, M.Pd. | Koordinator Pusat Pengembangan Standar Mutu | |||
| 2023 – 2025 | Dr. Ahmad Sulton, M.Pd.I. | Koordinator Pusat Pengembangan Karir | |||
| 2021 – 2022 | Agung Musyaffa Sjamsoedin, SE. | Koordinator Tata Usaha | |||
| 2021 – 2025
|
Aristiawan, M.Pd. | Staf | |||
| Rizki Amalia Sholihah, M.Pd. | Staf | ||||
| Adistya Trinur Gustanti, S.Kom. | Staf | ||||
| 2021 – 2022 | Rofingatun Rohmah, SH | Staf | |||
| Zamzam Mustofa, M.Pd. | Staf | ||||
| 2022 – 2025 | Fiki Rahmita, M.Pd. | Staf | |||
| Annisa Dwi Kurniawati, M.Pd. | Staf | ||||
| 2023 – 2025 | Budhi Setiyawan, SE., M.Pd. | Penyusun dan Pengolah Instrumen | |||